男性生殖疾病涵盖的范围非常广，主要包括以下门类，首先是性发育方面的疾病，主要是男性青春期发育延迟的问题。其次是阴茎与包皮的疾病，例如包皮过长与包茎、小阴茎与隐匿阴茎、阴茎的折断及离断损伤、阴茎硬结症、阴茎弯曲、阴茎异常勃起。
还有睾丸、附睾及精索的疾病，比如炎症与损伤，还有睾丸扭转、隐睾症、睾丸肿瘤、精索静脉曲张、鞘膜积液等。前列腺的疾病包括前列腺炎、前列腺增生、前列腺癌、男子的不育症、男子的性功能障碍，比如性欲障碍、勃起功能障碍、插入障碍、射精障碍以及男性计划生育方面的问题，男性的更年期综合征和男性的生殖系统感染，也属于男性生殖疾病的范畴。
